Allar sjúkrastofnanir SÁÁ heyra undir sömu framkvæmda- og fjármálastjórn og eru reknar samkvæmt heilbrigðislögum. Framkvæmdastjórn SÁÁ og framkvæmdaráð eru ábyrg fyrir stjórnun, en dagleg ábyrgð ber framkvæmdastjóri meðferðarsviðs. Yfirlæknir SÁÁ ber faglega ábyrgð á allri þeirri meðferð sem fram fer á stofnunum SÁÁ.

Allur sjúkrarekstur er aðskilinn frá öðrum rekstri samtakanna, er rekin á sérstakri kennitölu og endurskoðaður af Ríkisendurskoðun.

Á öllum sjúkrastofnunum SÁÁ nema Sjúkrahúsinu Vogi og göngudeildinni þar er starfsemin að mestu byggð á störfum áfengisráðgjafar sem starfa undir beinni stjórn dagskrárstjóra sem aftur starfar undir beinni stjórn og faglegu eftirliti lækna.